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個別化 RNA ネオアンチゲン ワクチンは膵臓がんの T 細胞を刺激します
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個別化 RNA ネオアンチゲン ワクチンは膵臓がんの T 細胞を刺激します

Jun 19, 2023

Nature volume 618、pages 144–150 (2023)この記事を引用

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メトリクスの詳細

膵管腺がん（PDAC）は患者の 88% で致死的ですが 1、ワクチンに適した変異由来の T 細胞ネオアンチゲンを保有しています 2、3。 ここでは、ウリジン mRNA-リポプレックス ナノ粒子に基づく個別ネオアンチゲン ワクチンであるアジュバント自己遺伝子セブメランの第 I 相試験において、外科的に切除した PDAC 腫瘍から mRNA ネオアンチゲン ワクチンをリアルタイムで合成しました。 手術後、我々はアテゾリズマブ（抗PD-L1免疫療法）、自己遺伝子セブメラン（患者1人あたり最大20種類のネオアンチゲン）、および4剤化学療法レジメンの修正版（フォリン酸、フルオロウラシル、イリノテカン、オキサリプラチン）。 評価項目には、高閾値アッセイによるワクチン誘発ネオアンチゲン特異的 T 細胞、18 か月無再発生存率、および腫瘍学的実現可能性が含まれます。 私たちは16人の患者をアテゾリズマブとオートジーン・セブメランで治療し、その後15人の患者をmFOLFIRINOXで治療しました。 自己遺伝子セブメランはベンチマーク時間の 3 日以内に投与され、忍容性があり、患者 16 人中 8 人で新規の高規模ネオアンチゲン特異的 T 細胞を誘発し、そのうちの半数は複数のワクチンネオアンチゲンを標的としていました。 T 細胞クローン (CloneTrack) を追跡する新しい数学的戦略と機能アッセイを使用して、ワクチンで増殖した T 細胞が全血中 T 細胞の最大 10% を構成し、ワクチンブースターで再増殖し、長寿命の多機能ネオアンチゲンを含んでいることを発見しました。特異的エフェクター CD8+ T 細胞。 中央値18か月の追跡調査では、ワクチンで増殖したT細胞を有する患者（反応者）の無再発生存期間中央値（未達）は、ワクチンで増殖したT細胞を持たない患者（非反応者; 13.4か月、P = 0.003）。 反応者と非反応者は、同時の無関係の SARS-CoV-2 に対する mRNA ワクチンに対して同等の免疫を獲得したため、患者の免疫適応度の違いはこの相関関係を混乱させることはなかった。 したがって、アジュバントのアジュバント アテゾリズマブ、自己遺伝子セブメラン、および mFOLFIRINOX は、PDAC 再発の遅延と相関する可能性のある実質的な T 細胞活性を誘導します。

PDAC は、米国におけるがんによる死亡原因の第 3 位4、世界では第 7 位です5。 発生率は増加しており6、生存率は12%1であり、ほぼ60年間ほとんど停滞している1ため、PDACは2025年までに世界全体でさらに多くのがんによる死亡を引き起こすと予測されています(参考文献6、7)。 PDAC の唯一の治癒療法は手術です。 しかし、手術にもかかわらず、患者のほぼ 90% が中央値 7 ～ 9 か月で再発し 8,9、5 年全生存率 (OS) はわずか 8～10% 8,9 です。 術後補助多剤化学療法は再発を遅らせ、外科的に切除された PDAC の標準治療ですが、患者のほぼ 80% が 14 か月前後で再発し 4、5 年生存率は 30% 未満です 10。 放射線、生物学的製剤、標的療法も効果がありません4。

PDAC は、免疫チェックポイント阻害剤に対してほぼ完全に非感受性です (応答率 5% 未満 11、12)。 この非感受性は、PDAC の突然変異率が低く、ネオアンチゲン 12 をほとんど生成しないという事実に部分的に起因しています。ネオアンチゲンは、がんを T 細胞にとって異物としてマークする健康な組織に存在しない突然変異によって生成されるタンパク質であり、そのため浸潤 T 細胞がほとんどなく PDAC の抗原性が弱くなる可能性があります。 しかし、最近の観察では、ほとんどの PDAC が実際には以前の予測よりも多くのネオアンチゲン 2、3、13 を保有していることが示されています 14。 さらに、PDAC2、3 の長期生存者の研究により、ネオアンチゲンが PDAC 内の T 細胞を刺激する可能性があることが明らかになりました。 免疫原性ネオアンチゲンが豊富な原発腫瘍には、約 12 倍の高密度の活性化 CD8+ T 細胞が存在しており、これは疾患再発の遅延と患者の生存期間の延長と相関しています。 したがって、ほとんどの PDAC は T 細胞を刺激する可能性のあるネオアンチゲンを保有しているため、ネオアンチゲンを送達する戦略はネオアンチゲン特異的 T 細胞を誘導し、患者の転帰に影響を与える可能性があります。

2,000 spots per million bulk PBMCs (Fig. 1g). Inter-patient variation in the number and magnitude of all responses and intra-patient variation in the magnitude of polytopic responses were observed (Fig. 1g). Thus, autogene cevumeran induces substantial de novo T cell responses in a large proportion of patients with PDAC./p>12 weeks35,36,37 after surgery. Furthermore, given its limited sample size, this trial enrolled only white individuals. Future studies must test individualized mRNA neoantigen vaccines in a diverse population of patients with PDAC, coupled with a faster time to adjuvant mFOLFIRINOX. Experience with individualized cancer vaccines16 that predated and accelerated mRNA-based SARS-CoV-2 pandemic vaccines38 can now further hasten individualized cancer vaccine manufacture times22,23 and enable more rapid adjuvant custom vaccination and chemotherapy./p>90% viability), at a concentration between 700 and 1,000 cells per µl, was loaded onto to a 10x Genomics Chromium platform to generate Gel Beads-in-Emulsion (GEM), targeting about 10,000 single cells per sample. After GEM generation, polyA cDNA barcoded at the 5′ end by the addition of a template switch oligonucleotide (TSO) linked to a cell barcode and unique molecular identifiers (UMIs) was generated by incubation at 53 °C for 45 min in a C1000 Touch Thermal cycler with a 96-Deep Well Reaction module (Bio-Rad). GEMs were broken and the single-strand cDNA was cleaned up using DynaBeads MyOne Silane Beads (Thermo Fisher Scientific). The cDNA was amplified for 13 cycles (98 °C for 45 s; 98 °C for 20 s, 67 °C for 30 s, 72 °C for 1 h). Quality and quantity of the cDNA was assessed using an Agilent Bioanalyzer 2100, obtaining a product of about 1,600 bp. For generation of 5P expression libraries, an aliquot of the cDNA (about 50 ng) was enzymatically fragmented, end repaired, A-tailed, subjected to a double-sided size selection with SPRI select beads (Beckman Coulter) and ligated to adaptors provided in the kit. A unique sample index for each library was introduced through 14 cycles of PCR amplification using the indexes provided in the kit (98 °C for 45 s; 98 °C for 20 s, 54 °C for 30 s, and 72 °C for 20 s × 14 cycles; 72 °C for 1 min; held at 4 °C). Indexed libraries were subjected to a second double-sided size selection, and libraries were then quantified using Qubit fluorometric quantification (Thermo Fisher Scientific). The quality was assessed on an Agilent Bioanalyzer 2100, obtaining an average library size of 430 bp. For generation of full-length TCR VDJ regions, an aliquot of the cDNA (about 5 ng) was subjected to nested PCR amplification with specific VDJ outer and inner primer pairs (98 °C for 45 s; 98 °C for 20 s, 67 °C for 30 s, and 72 °C for 20 s × 8 cycles; 72 °C for 1 min; held at 4 °C), and one-sided size selection using SPRI select beads. Quality and quantity of the VDJ region was assessed using an Agilent Bioanalyzer 2100. The average library size was 620 bp./p>A; dHsaCP2000106 for TP53 WT). Cycling conditions were tested to ensure optimal annealing and extension temperatures and optimal separation of positive from empty droplets. Optimization was done using a known positive control./p>